По уму, конечно. комменту надо присваивать уникальный (не последовательный) идентификатор и позволять писать ^идентификатор в комменте. Клик по такой (линкофицированной) штуке должет отматывать страницу к этому комменту, а hover просто подсвечивать тот коммент, на который ссылка. Вставляться оно, натурально, должно кликом по комменту, на который хочешь сослаться (можно с шифтом или альтом, если просто клик будет занят вставкой @имени).

так недолго и до каментов лесенкой

Недолго, но есть границы, которые можно удержаться и не перейти.

учитывая наличие банов, это нетривиальная фича, имхо.

а также удаление комментов. можно было бы сделать некий хитрый синтаксис, который бы позволял сослаться на конкретный комментарий, я подумаю об этом.

Ммм, не думаю. Фича реализуется прямолинейно на клиенте. Каждому комменту даётся уникальный id (либо на сервере, либо как хэш доступных на клиенте полей). Коммент помещается в <a id="{post_id}_{comment_id}">. Фрагменты ~ (\^[0-9a-z]+)\b оборачиваются JS-обработчиком, который тупо ищет элемент $("{post_id}_\1") и on hover его подсвечивает, а on click переходит по "#{post_id}_\1", пардон за вольный псевдокод. Баны и хайды обработаны сервером, так что если есть ссылка на невидимый коммент, она просто не будет работать. Это неприятно, но не более, чем просто обсуждение скрытого от тебя коммента собеседниками в треде.

ну в общем да.